• Tras la caída del Imperio romano, los visigodos primero (s. V) y los musulmanes después (s. VIII) se adueñan de la península. En 1118, Alfonso I el Batallador reconquista Zaragoza y con ella caen las tierras y poblaciones del curso medio del Ebro.
• El castillo y la villa de Castejón -que se regirá por el fuero de Tudela- quedarán en manos de un señor feudal que lo administra en nombre del rey de Navarra. Los señores de Castejón fueron, en el s. XIII, los Jiménez de Rada y los Pérez de Castejón. En el XIV, los Jiménez de Urrea, los Arellano y los Aibar. En el XV los Beaumont, aliados de Fernando el Católico quien en 1513 incorporó Navarra a la Corona de Castilla.
• Documentos del siglo XIV (1342) nos informan de que entonces había en Castejón 18 casas, habitadas por un centenar de personas dedicadas al cultivo del cereal (trigo, cebada, avena…) y del viñedo, al pastoreo de ovejas, y, algunos, al cuidado de la barca y pontón para pasar el río Ebro. La guarnición del castillo estaba bajo las órdenes de un alcaide y la iglesia de Castejón, de estilo románico, dependió en un principio de la abadía benedictina francesa de San Martín de Sées y a partir de 1145 del priorato benedictino de Santa Cruz de Tudela.
• En la 2ª mitad del XIV las epidemias de peste, las sequías y la emigración hacia localidades vecinas despoblaron Castejón.
• Esta decadencia se acentuó con las guerras civiles del XV y se prolongó durante la Edad Moderna, de modo que no ha quedado nada de su iglesia ni de la fortaleza.

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